Бага хаадын үе буюу бутралын үе
1. Умард Юань ба Бутралын эхэн үе (1368–1449 он)
1368 онд Тогоонтөмөр хаан Дайду (Бээжин) хотоос ухарч ирснээр түүхэнд "Умард Юань" буюу Бага хаадын үе эхлэв. Монголын хаад төрийн төвлөрсөн эрх мэдлээ хадгалахыг зорьж, 1372 онд Мин улсын 150 мянган их цэргийг домогт жанжин Хөхтөмөр бут цохисон боловч 1380 онд Хархорум галдагдаж, 1388 онд Буйр нуурт хааны хүрээ цохигдсоноор төрийн эрх мэдэл сарнижээ.
Үүний дараа Монгол улс Дөчин дөрвөн хоёр буюу Зүүн Монголын Дөчин түмэн, Баруун Монголын Дөрвөн түмэн Ойрад болон хуваагдаж, хоорондоо эрх мэдлийн төлөө тэмцэлдэж эхлэв. Мин гүрэн нүүдэлчдийг нэгтгэхгүйн тулд ээлжлэн нэгнийг нь дэмжиж хүчийг нь сулруулах бодлого явуулж байв.
Гэвч 1449 онд Ойрадын хүчирхэг удирдагч Эсэн тайш худалдааны хориг, дарамтыг эсэргүүцэн Мин улс руу дайлаар мордож, Түмүгийн тулалдаанд Мин улсын 500 мянган их цэргийг бүрэн бут цохин, эзэн хаан Инзуныг олзлон авч, Бээжин хотыг бүслэн Монголын цэргийн суу алдрыг дахин ертөнцөд дуурсгажээ. Эсэн тайш 1453 онд Чингисийн алтан ургийн бус хэрнээ өөрийгөө Их хаанд өргөмжилсөн нь ноёдын эсэргүүцэлтэй тулгарч, удалгүй алагдсанаар дотоодын хямрал дахин сэдрэв.
2. Батмөнх Даян хаан ба Мандухай сэцэн хатан (Сэргэн мандалт)
Улс төрийн бутрал, задралыг эцэслэн зогсоосон түүхэн гавьяатай хүмүүс бол Мандухай сэцэн хатан болон Чингис хааны алтан ургийн Батмөнх Даян хаан (1470–1517) нар юм.
Мандухай хатан төрийн жолоог гартаа авч, 7 настай Батмөнхийг Их хааны орон суулуулан "Даян хаан" (Бүх нийтийн хаан) хэмээн өргөмжилжээ. Тэрээр өөрийн биеэр цэрэг удирдан эхлээд Ойрадыг номхотгон захиргаандаа оруулж, дараа нь Баруун түмний самууныг дарж бүх Монгол овогтныг нэгэн дээвэр дор нэгтгэв.
Даян хаан төр, засаг захиргаагаа Зургаан түмэн-д хуваан хуульчилсан:
Зүүн гурван түмэн (Хааны шууд эзэмшил): Цахар, Халх, Урианхай;
Баруун гурван түмэн (Жонон захирах эзэмшил): Ордос, Түмэд, Юншөөбүү.
Даян хаан өөрийн 11 хөвгүүндээ газар нутгийг хуваан өгч, отгон хүү Гэрсэнз жалайр хунтайжид Халх түмнийг өгснөөр өнөөгийн Ар Монгол буюу Халх түмний үндэс тавигджээ. Харин ахмад хүү Төрболдын удмын Боди Алаг хаан хаан ширээг залгамжилж, төрийн гол тамга Цахарын нутагт төвлөрснөөр өвөр зургаан түмний нутаг тодорсон билээ.
3. 1640 оны "Их Цааз" ба Ойрад-Малхайн сэргэлт
XVII зууны эхээр Дорно зүгт Нурхач баатар Манж (Чин) гүрнийг байгуулан, 1636 онд Өвөр Монголын 16 аймгийг эрхшээлдээ оруулан, Лигдэн хутагт хаан таалал төгссөнөөр Монголын төрд Манжийн аюул бодитоор нүүрлэв.
Энэхүү гадаад аюулын эсрэг 1640 онд Ойрадын Эрдэнэбаатар хунтайж санаачлан Тарвагатайн нурууны Улаан бураа хэмээх газар Халх болон Ойрадын 28 том ноёдын чуулганыг зохион байгуулжээ. Чуулганд Түшээт хан Гомбодорж, Засагт хан Субадай, Хошуудын Төрбайх (Гүүш хан), Торгуудын Хөөрлөг тэргүүтэй төлөөлөгчид оролцож, "Дөчин дөрөв хоёрын их цааз" (1640 оны Монгол-Ойрадын их цааз)-ыг батлав. Энэхүү 120 зүйл бүхий хууль нь:
Манжийн түрэмгийллийн эсрэг бүх Монгол овогтон нэгдэн тэмцэх,
Дотоодын дайн самууныг хатуу хориглох,
Бурханы шашныг (Гэлүгба буюу Шарын урсгал) төрийн үзэл санааны бамбай болгох үндэс суурийг тавьсан юм.
Зая бандида Намхайжамц тус чуулганы үзэл санааг түгээн дэлгэрүүлж, 1648 онд монгол хэлний аялгуу бүрийг тэмдэглэх чадвартай Тод бичиг-ийг зохион хэрэглээнд оруулжээ.
4. Халх ба Зүүнгарын эмгэнэлт зөрчил, Манжийн эрхшээл (1688–1691 он)
1639 онд Халхын ноёд Ширээт цагаан нуурт чуулж, Түшээт хан Гомбодоржийн 5 настай хөвгүүн Занабазарыг шашны тэргүүнээр өргөмжлөн, анхны өргөөг нь босгосон нь Монголын соёл, шашны төв болохын хамт эв нэгдлийн бэлгэдэл болсон юм.
Гэвч XVII зууны хоёрдугаар хагаст Халхын Засагт хан, Түшээт ханы хооронд гарсан маргаанд Зүүнгарын Галдан бошигт хаан хөндлөнгөөс оролцсоноор 1688 онд 30 мянган Зүүнгарын их цэрэг Халхын нутагт цөмрөн орж дайн дэгдээв. Халхын цэрэг ялагдаж, Олон зуун мянган Халхын ард түмэн нутаг орноо хаян, Манжийн хилийн зүг өмнө тийш дүрвэхээс өөр аргагүйд хүрчээ.
Ар талдаа Галдангийн цэрэгт шахагдсан Түшээт хан Чахундорж болон Өндөр гэгээн Занабазар нар ард түмнээ бүрэн сүйрлээс аврахын тулд Манжийн Энх-Амгалан (Канси) хаанаас цэргийн тусламж эржээ. Үүний үр дүнд 1691 оны Долоннуурын чуулган-аар Халхын 4 аймаг, 7 хошуу Манж Чин улсад дагаар орсныг албан ёсоор тунхаглан, Манжийн хааны харьяат болсон нь Монголын төрийн тусгаар тогтнол 220 гаруй жилээр алдагдах гашуун түүхийн эхлэл болсон билээ.